结核菌能使多种脏器发生结核病，但肺却最多见，这是与结核菌的生物学特性和人体肺的特殊功能和结构决定的。
结核菌是严格的需氧菌，在氧气充足的环境中生长活跃，繁殖迅速，易于治病；当氧气稀少或无氧存在的情况下，生长缓慢或者停止生长，处于假死或冬眠状态，暂时失去致病力。同理，人类哪个器官氧分压高或含氧多，结核杆菌就容易在哪个器官生长繁殖。毫无疑问，肺是人体从外界吸进氧气的第一站，是体内氧分压最高的器官。
从肺的结构来看，通过支气管和气管与外界直接相通，形成了结核杆菌侵入肺的天然门户；另一方面，结核病的主要传染源是排菌的结核病患者，这些人向外界排出的细菌首先漂流在空气中，然后通过空气这种媒介传染给健康人。在人类各个器官中，唯独肺与大气直接相通，结核菌比较容易进入肺，而也容易从肺传染给其他人，对于结核菌来说，肺做为温床完成了其生命的周期，遗传的需要，使其种族不断生长扩大，这也是肺结核发病最多的原因之一。
最后，通过其他途径进入人体的结核菌，受到的考验更多，如通过食物进入消化道，而正常人的消化液具有很强的抗菌能力，结核菌通过消化道感染的可能性减小了许多。
当然，在呼吸道传染途径中，含菌飞沫要进入肺泡也不是一件容易的事情，需要通过人体的层层“屏障”。如鼻腔、气管和支气管的表面都有一层黏膜，分泌黏液，飞沫都会被黏液黏住，首先可随鼻涕排出；在支气管粘膜的表面还有一层很细的纤毛，像风吹麦浪一样不断地由下而上摆动。纤毛摆动乳加上咳嗽反射，能把痰液和吸附在痰液里的细菌排出体外。
进入上述这些“考验”存活下来的结核菌，滞留在肺泡内，血液中的白细胞、巨噬细胞等便会向结核菌入侵部位聚集，并且与局部肺泡组织共同筑起一道防线，阻止结核菌进一步入侵，尤其是巨噬细胞吞噬结核菌，形成一种吞噬小体，与分泌的多种水解酶与其他杀菌物质一起将结核菌杀死。但非常遗憾的是，这道防线并不紧密，功能不是很可靠，只能拦得住那些毒力弱、数量少的结核菌株，当毒力强、数量多的菌种入侵时，结核菌冲破防线，甚至有些毒株能抗住巨噬细胞的吞噬功能，并在其内生活……这些存活下来的结核菌在巨噬细胞内外不断生在繁殖，这部分肺组织即出现炎症病变，称为原发病灶。
原发病灶中的结核分枝杆菌沿着肺内引流淋巴管到达肺门淋巴结，引起淋巴结肿大。原发病灶和肿大气管支气管淋巴结称为原发综合征。原发病灶继续扩大，原发综合征持续发作，结核分枝杆菌可直接或经血流播散到邻近组织器官，发生结核病。
结核菌侵入人体后并开始繁殖时（冲破防线时），免疫系统会召唤更多的免疫新报参与战斗，如多种T细胞、B细胞和免疫因子（白细胞介素、巨噬细胞活化因子、各种趋化因子等），使原发病灶、肺门淋巴结和播散到全身各器官的结核菌停止繁殖，原发病灶炎症迅速吸收或留下少量钙化灶，肿大的肺门淋巴结逐渐缩小、纤维化或钙化，播散到全身各器官的结核分枝杆菌大部分被消灭……但是，免疫系统不能消灭所有的结核菌，有一小部分结核菌通过各种机制逃避免疫监控，并进入休眠期，成为继发性肺结核的来源之一。
原发性结核病痊愈后，再次发生结核病，称之为继发性结核。多发生于成年人，又称成人结核。继发性结核的发病形式，目前认为有两种：原发性结核感染时期遗留下来的潜在病灶中的结核分枝杆菌重新活动而发生的结核病称为内源性复发；另一种方式由于受到结核杆菌的再感染而诱发，称为外源性感染。
明日更新：带你全面了解结核之六：结核病的病理变化
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